A vízrajzi tevékenységet az igazgatóság szakemberei közel 10000 km2-en a Drávától a Balatonig, a Dunától a Mura torkolatáig terjedő területen a 223/2014 (IX.04) Korm. rendelet és a 45/2014 (IX.23)BM rendelet előírásai alapján végzik. A tevékenység célja a természetben található felszíni, felszín közeli, felszín alatti vizek mennyiségének, minőségének folyamatos figyelése, vízállásaik, vízszintjeik, vízhozamaik mérése, gyűjtése. Ezek az információk az alapjai a vízgazdálkodásban a tervezési munkáknak, az engedélyezési eljárásoknak. A több mint 100 éves múlttal rendelkező vízrajzi szolgálat az igazgatóságon önálló vízrajzi tevékenységként 1975-óta létezik és egyre bővülő feladatkörrel napjainkra egyik meghatározó alaptevékenységévé vált az igazgatóság szakmai munkájának.
A vízrajzi feladatok sorába tartozik az árvízi védekezés segítése. A védekezés során állandó friss hidrológiai információk (helyzetértékelés, figyelmeztetés, riasztás, előrejelzés) biztosítása a védekezést irányítók számára a vízrajzi szakemberek feladata. Az információk gyors áramlásának egyik fontos segítője az igazgatóság távmérőhálózata. Ebben a monitoringban minden nagy folyó (Duna, Dráva), és olyan dombvidéki patak (Baranya-csatorna, Hábi csatorna, Rinya, Kapos vízfolyás) megtalálható, melyeken az árvizek nagy valószínűséggel előfordulhatnak. Ezek az állomások állandó GPRS alapú internetes kapcsolattal vannak az igazgatóság vízrajzi központjával összekötve, így a vízállások folyamatos ellenőrzése biztosított, azok az igazgatóság honlapján elérhetők. A távmérőhálózat állomásai az alábbi képen láthatók:
2011-ben elkészült a Dráva folyó árvízi előrejelző rendszere. Az előre jelzett drávai vízállások az igazgatóság honlapján elérhetők.