A vízrajzi tevékenységet az igazgatóság szakemberei a közel 10000 km2-en – a Drávától a Balatonig, a Dunától a Mura torkolatáig terjedő területen –, a 45/2014 (IX.23.) számú BM. rendelet előírásai alapján végzik. A tevékenység célja a természetben található felszíni, felszín közeli, felszín alatti vizek mennyiségének folyamatos figyelése, vízállásaik, vízszintjeik, vízhozamaik mérése, gyűjtése. Ezek az információk az alapjai a vízgazdálkodásban a tervezési munkáknak, az engedélyezési eljárásoknak. A több mint 100 éves múlttal rendelkező vízrajzi szolgálat az igazgatóságon önálló vízrajzi tevékenységként 1975. óta létezik és egyre bővülő feladatkörrel napjainkra egyik meghatározó alaptevékenységévé vált az igazgatóság szakmai munkájának.
A vízrajzi tevékenység 2006. óta az ISO 9001-es minőségirányítási szabvány alapján történik.
A mérés, regisztrálás, gyűjtés regionális jelentőségű törzsállomásokon és helyi érdekeltségű üzemi állomásokon van. Az észlelés, mérés az állomások nagy részén már korszerű digitális regisztráló és adatgyűjtő műszerekkel történik. Az állomások adatai laptoppal kinyerhetők és gyorsan az igazgatóság hidrológiai adatbázisába, a Vízügyi Modulba tölthetők.
A monitoringok felügyeletét három mérőcsoporttal a pécsi, barcsi és kaposvári vízrajzos kollégák végzik.
Az egyes állomástípusok megoszlását az alábbi ábra jellemzi:
A vízrajzi feladatok sorába tartozik az árvízi védekezés segítése. A védekezés során állandó friss hidrológiai információk (helyzetértékelés, figyelmeztetés, riasztás, előrejelzés) biztosítása a védekezést irányítók számára a vízrajzi szakemberek feladata. Az információk gyors áramlásának egyik fontos segítője az igazgatóság távmérőhálózata. Ebben a monitoringban minden nagy folyó (Duna, Dráva), és olyan dombvidéki patakok, mint a (Baranya-csatorna, Hábi-csatorna, Karasica-patak, Babócsai Rinya-patak, Völgységi-patak, Kapos vízfolyás) megtalálható. Ezeken a vízfolyásokon az árvizek kialakulása nagy valószínűséggel előfordulhat. Az állomások állandó GPRS alapú internetes kapcsolattal vannak az igazgatóság vízrajzi központjával összekötve, így a vízállások folyamatos ellenőrzése biztosított, azok az igazgatóság honlapján elérhetők.
Az aszályok egyre gyakoribbá válása miatt az igazgatóságunk két éve már aszálymonitoringot is üzemeltet, ahol a meteorológiai jellemzők mellett a talaj nedvessége és hőmérséklete is regisztrálásra kerül. Ezekből az adatokból számított aszályindexek a mezőgazdaságban felhasználhatók.
A következő évek faladata lesz a 2021 végén átadott Ős-Dráva vízrajzi monitorig üzemeltetése.